毛細色譜柱色譜儀器的核心部件，說它是一個儀器的“心臟”不為過。色譜柱在整個檢測過程中起著樣品分離的作用，選用的是否合適決定這整個實驗的成敗。毛細管色譜柱因固定相組成不同，其極性也各不相同，按極性不同毛細色譜柱可以分為三類：非極性、中級性和極性色譜柱。   

1、非極性色譜柱：

固定相:  SE-30, OV-1

組成：100%甲基聚硅氧烷

應用：碳氫化合物

同類型號：DB(HP)-1、AC1、SPB-1、CPSIL5、DM-1、RT-1

使用溫度：50—300℃

固定相:  OV-101

組成：100%甲基聚硅氧烷（膠體）

應用：氨基酸、基油

同類型號：HP-101、AC1 、SP-2100

使用溫度：0—350℃

2、中級性色譜柱：

固定相： XE-60

組成：25%氰乙基甲基聚硅氧烷

應用：酯、硝基化合物

同類型號：DB(HP) -225、AC225

使用溫度：0—280℃

3、極性色譜柱：

固定相:  FFAP

組成：聚乙二醇—TPA改性

應用：酸、醇、醛、酯、腈、酮、基油

同類型號：DB(HP) –FFAP、SP-1000、Supecl-NUKOL、AC20

使用溫度：50—250℃

固定相:  PEG-20M

組成：聚乙二醇—20M

同類型號：HP-Wax、DB-Wax、AC20

使用溫度：50—200℃

氣相色譜柱在使用時注意其極性和耐受溫度。